提交 · 0.4.30 · HPCSource / alphafold2

该项目从 https://github.com/lucidrains/alphafold2 镜像。拉取镜像更新于 31分钟前。

8月 23, 2021
- 0.4.30 · 1fdb4976
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  0.4.30
  
  1fdb4976
- Make sure random_tokens is on correct device (#96) · 7c516afa
  由 aced125 创作于 3年前
```
Make sure random_tokens is on correct device
```
  7c516afa
- properly mask for structure module · c85682ec
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  0.4.29
  
  c85682ec
- make sure outermean can be masked for padding in msa rows, and also fix a bug with mask · dda22b58
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  0.4.26
  
  dda22b58
8月 10, 2021
- link to arxiv insights · db44ed62
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  db44ed62
8月 09, 2021
- fix quaternion update · c39e31e3
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  0.4.25
  
  c39e31e3
- use stable softmax in attention · b88e9e3d
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  0.4.24
  
  b88e9e3d
8月 04, 2021
- release checkpointing for evoformer · e6ed6f44
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  0.4.23
  
  e6ed6f44
- do checkpointing for the entire evoformer · 597762be
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  597762be
8月 03, 2021
- bug · fee07758
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  0.4.22
  
  fee07758
7月 28, 2021
- remove sparse attention · 34ddc060
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  34ddc060
7月 27, 2021
- cleanup axial attention, since we are no longer mixing row and column attention in one block · a53a3eb5
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  a53a3eb5
7月 26, 2021
- add stop gradient to the rotations, as done for stability, as in the paper and open sourced code · 52141567
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  0.4.21
  
  52141567
- add rel pos emb · dd5e7ead
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  0.4.20
  
  dd5e7ead
7月 25, 2021
- add recycling logic and some more cleanup · c42d432a
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  0.4.19
  
  c42d432a
7月 24, 2021
- keep fixing · 0be08abf
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  0.4.18
  
  0be08abf
- fix residual for attn · c77e386b
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  0.4.17
  
  c77e386b
- fixes · 2c574801
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  0.4.16
  
  2c574801
7月 23, 2021
- cleanup · a7835280
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  a7835280
- move SSL stuff to own file · e5774b21
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  e5774b21
- iterate on MLM · 84b39c99
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  0.4.15
  
  84b39c99
- fit in masked-language-modeling loss for MSAs, not yet accurate to paper · d107fd9c
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  0.4.14
  
  d107fd9c
- fix gating and make axial naming less confusing · da1cab1e
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  0.4.13
  
  da1cab1e
- 0.4.12 · 35f8b6aa
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  0.4.12
  
  35f8b6aa
- bug in outer mean · 287c5f7e
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  287c5f7e
- 0.4.11 · 4e78ff16
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  0.4.11
  
  4e78ff16
- make sure extra MSAs use right type of attention, where queries are pooled · a4f47321
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  a4f47321
- 0.4.10 · 586792d7
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  0.4.10
  
  586792d7
- fix tri-mult · f648dde2
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  f648dde2
7月 21, 2021
- take care of templates angles features · 4e93b0b9
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  0.4.9
  
  4e93b0b9
- add template pointwise attention for pooling · 79d82084
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  0.4.7
  
  79d82084
- add evoformer for extra msa · 125b56df
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  0.4.6
  
  125b56df
- cleanup · 2f471443
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  2f471443
- parameterized outer sum for pairwise rep, do pairwise attention layers for... · 06a109fc
  由 Phil Wang 创作于 3年前
```
parameterized outer sum for pairwise rep, do pairwise attention layers for templates, use relative positional embeddings summed to pairwise rep as in paper
```
  0.4.5
  
  06a109fc
- triangle attention has attention biased by original pairwise representation · 48d73c64
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  0.4.4
  
  48d73c64
7月 20, 2021
- more cleanup · eef30aca
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  0.4.3
  
  eef30aca
- fix outer mean · 020321aa
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  0.4.2
  
  020321aa
- remove cross attention related code · cce757ec
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  0.4.1
  
  cce757ec
- add pytorch3d to dep · 93d84778
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  93d84778
- complete integration of evoformer and invariant point attention · cd4c52be
  由 Phil Wang 创作于 3年前
  
  0.4.0
  
  cd4c52be