提交 · ae7defa8bead3ef77d241f12194dc66acdd40fca · HPCSource / seqtk

该项目从 https://github.com/lh3/seqtk 镜像。 Pull mirroring failed 7个月前.
由于尝试失败次数过多，仓库镜像已暂停，可以由项目维护者或所有者恢复。
上次成功更新 7个月前。

5月 19, 2023
- forgot to add this · ae7defa8
  由 Heng Li 创作于 1年前
  
  v1.4
  
  ae7defa8
- Released seqtk-1.4 (r122) · 03747b51
  由 Heng Li 创作于 1年前
  
  03747b51
5月 18, 2023
- light comments on telo · c5615eca
  由 Heng Li 创作于 1年前
  
  c5615eca
- avoid potential overlaps · 0eb3a4d1
  由 Heng Li 创作于 1年前
```
shouldn't be happening in theory
```
  0eb3a4d1
- r121: fixed a bug in telo · fc00f24c
  由 Heng Li 创作于 1年前
  
  fc00f24c
- r120: added telo for identifying telomeres · ce1fc8b2
  由 Heng Li 创作于 1年前
  
  ce1fc8b2
2月 16, 2023
- r119: added "size" for #reads and tot length · f6ea81cc
  由 Heng Li 创作于 2年前
  
  f6ea81cc
5月 15, 2022
- option to convert lowercase to N · b98236dd
  由 Heng Li 创作于 2年前
  
  b98236dd
3月 23, 2021
- expose "split" to command line help · 7c04ce78
  由 Heng Li 创作于 3年前
  
  7c04ce78
12月 04, 2020
- r116: strand-aware subseq (feature incomplete) · 5806831b
  由 Heng Li 创作于 4年前
  
  5806831b
6月 10, 2020
- r115: added the hpc command · c91a6afd
  由 Heng Li 创作于 4年前
  
  c91a6afd
1月 20, 2020
- r114: added the split command · 3c2aadb7
  由 Heng Li 创作于 5年前
  
  3c2aadb7
1月 06, 2020
- r113: changed the default gap size to 50 in "gap" · 7a3cbbea
  由 Heng Li 创作于 5年前
  
  7a3cbbea
10月 06, 2019
- Merge branch 'master' of github.com:lh3/seqtk · 54c21bc5
  由 Heng Li 创作于 5年前
  
  54c21bc5
- r107: output gap positions · eaf44342
  由 Heng Li 创作于 5年前
  
  eaf44342
2月 19, 2019
- Merge pull request #131 from cjain7/master · ca4785c6
  由 Heng Li 创作于 6年前
```
Type conversion from void* to unsigned char*
```
  ca4785c6
2月 18, 2019
- Type conversion from void* to unsigned char* · 7fe58c80
  由 Chirag Jain 创作于 6年前
```
Required for compatibility with intel compilers
```
  7fe58c80
11月 21, 2018
- Merge pull request #123 from kloetzl/master · 68752fd8
  由 Heng Li 创作于 6年前
```
improve parsing performance
```
  68752fd8
- improve parsing performance · ba10dad8
  由 Fabian Klötzl 创作于 6年前
```
Doubles throughput; can now parse FASTA at 2GB/s.
```
  ba10dad8
6月 18, 2018
- Released seqtk-1.3 (r106) · fe1cc9e8
  由 Heng Li 创作于 6年前
  
  v1.3
  
  fe1cc9e8
- resolved #103 (make install BINDIR=$HOME/bin) · fdfcfaee
  由 Heng Li 创作于 6年前
  
  fdfcfaee
6月 17, 2018
- r104: resolved #114 · ef7157c6
  由 Heng Li 创作于 6年前
  
  ef7157c6
- r103: fixed #111 · 8152017a
  由 Heng Li 创作于 6年前
  
  8152017a
11月 07, 2017
- r102: added -F, fake qual to seq · d210c57d
  由 Heng Li 创作于 7年前
  
  d210c57d
2月 11, 2017
- r101: smarter fastq check with kseq.h support · 32e7903e
  由 Heng Li 创作于 8年前
  
  32e7903e
- reformat kseq.h; added fastq flag · 4f8c4a1d
  由 Heng Li 创作于 8年前
  
  4f8c4a1d
- updated to the latest kseq.h for err checking · 336e30be
  由 Heng Li 创作于 8年前
  
  336e30be
- r98: force trimfq to output FASTQ · ce974f93
  由 Heng Li 创作于 8年前
  
  ce974f93
9月 08, 2016
- removed unnecessary header files · 281537b9
  由 Heng Li 创作于 8年前
  
  281537b9
- fixed typos in LICENSE · ad3be592
  由 Heng Li 创作于 8年前
  
  ad3be592
- r95: check file opening errors · e2462e59
  由 Heng Li 创作于 8年前
  
  e2462e59
5月 20, 2016
- r94: added "seq -S"; released 1.2 · 1a8319b7
  由 Heng Li 创作于 8年前
  
  v1.2
  
  1a8319b7
5月 03, 2016
- r93: expose famask · c282ed8f
  由 Heng Li 创作于 8年前
  
  c282ed8f
4月 12, 2016
- r92: fixed a bug in subseq -L · fb85aad4
  由 Heng Li 创作于 8年前
  
  fb85aad4
4月 06, 2016
- Release seqtk-1.1-r91 · 2ac30555
  由 Heng Li 创作于 8年前
  
  v1.1
  
  2ac30555
- moved trimadap to a separate repo · 7830ac1a
  由 Heng Li 创作于 8年前
  
  7830ac1a
- moved installation instruction to introduction · ba2d018a
  由 Heng Li 创作于 8年前
  
  ba2d018a
- Added installation instructions (#36) · c0422f30
  由 Heng Li 创作于 8年前
  
  c0422f30
4月 05, 2016
- r87: trim to a fixed length (#9) · 46cd37eb
  由 Heng Li 创作于 8年前
  
  46cd37eb
- r86: fixed a inline-no-static warning (#72) · 7d809104
  由 Heng Li 创作于 8年前
  
  7d809104